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常見的轉(zhuǎn)錄組測序技術平臺包括Illumina HiSeq、NovaSeq和BioNano Genomics等。Illumina平臺因其高通量和高準確性而廣泛應用于轉(zhuǎn)錄組測序。
參考基因組選擇:根據(jù)具體研究目的和樣本特點選擇最適合的參考基因組。對于高變異的樣本,可以選擇一致性較高的參考基因組進行比對。
比對率低:選擇合適的比對工具(如Bowtie、BWA等)進行比對。
常用的SNP檢測方法包括直接測序法、Taqman探針法、HRM法、焦磷酸測序法、SNaPShot和Sequenom法等。
需要確保數(shù)據(jù)的準確性和重復性,使用適當?shù)能浖M行數(shù)據(jù)分析,仔細檢查突變位點和相關序列。
可以鑒定細菌、真菌等微生物,包括病原菌和環(huán)境微生物。
樣品可以是細菌或真菌的純培養(yǎng)物(菌液、菌株),或環(huán)境樣品(如土壤、水樣等)。
答:溶解DNA測序樣品時,用滅菌蒸餾水溶解最好。DNA的測序反應也是Taq酶的聚合反應,需要一個最佳的酶反應條件。如果DNA用緩沖液溶解后,在進行了測序反應時,DNA溶液中的緩沖液組份會影響測序反應的體系條件,造成Taq酶的聚合性能下降。 有很多客戶在溶解DNA測序樣品時使用TE Buffer。的確,TE Buffer能增加DNA樣品保存期間的穩(wěn)定性, 但TE Buffer對DNA測序反應有影響,根據(jù)我們的經(jīng)驗,我們還是推薦使用滅菌蒸餾水來溶解DNA測序樣品。
答:我們推薦客戶提供菌體,由我們來提取質(zhì)粒,這樣DNA樣品比較穩(wěn)定。如果您要以提供DNA樣品,我們也很歡迎,但一定要注意樣品純度和數(shù)量。提供的測序樣品為PCR產(chǎn)物時,特別需要注意DNA的純度和數(shù)量。PCR產(chǎn)物應該進行切膠回收,否則無法得到良好的測序效果。有關DNA測序樣品的詳細情況請嚴格參照“DNA測序樣品準備及注意事項”部分的說明。
答:一般菌體的形態(tài)有:平板培養(yǎng)菌、穿刺培養(yǎng)菌,甘油保存菌或新鮮菌液等。我們提倡寄送穿刺培養(yǎng)菌或新鮮菌液。平板培養(yǎng)菌運送特別不方便,我們收到的一些平板培養(yǎng)菌的培養(yǎng)皿在運送過程中常常已經(jīng)破碎,面目全非,需要用戶重新寄樣。這樣既誤時間,又浪費客戶的樣品。一旦是客戶非常重要的樣品時,其后果更不可設想。而甘油保存菌則容易污染。制作穿刺菌時,可在1。5ml的Tube管中加入瓊脂培養(yǎng)基,把菌體用牙簽穿刺于瓊脂培養(yǎng)基(固體)中,37℃培養(yǎng)一個晚上后便可使用。穿刺培養(yǎng)菌在4℃下可保存數(shù)個月,并且不容易污染,便于運送。
如果您需要對過表達或者表達降低目的基因的細胞進行反復試驗,那么構建穩(wěn)定細胞株是有必要的。 第一,可以減少不同批次實驗中轉(zhuǎn)染效率差異帶來的實驗結(jié)果差異,提高實驗的可重復性。 第二,構建好細胞系后不必再進行瞬時轉(zhuǎn)染實驗以及反復制備質(zhì)粒,減少工作量。 第三,不再使用價格高昂的轉(zhuǎn)染試劑,節(jié)約實驗成本。
不是所有的細胞株都能構建成為穩(wěn)定細胞系的。構建穩(wěn)定細胞系需要滿足2個條件:
1、細胞能穩(wěn)定傳代;
2、細胞的轉(zhuǎn)染效率滿足要求。
1.一致性和重復性高:抗體生產(chǎn)質(zhì)量可控,抗體的批次間差異小。
2.可以避免雜交瘤細胞制備中如基因丟失、基因突變和細胞株漂移等問題。
3.靈敏度和特異性強:利用重組技術,更容易通過抗體工程提高抗體特異性和靈敏度。
4.高通量、高效率:簡化客戶的抗體發(fā)現(xiàn)流程,以指定形式表達的優(yōu)質(zhì)抗體滿足您特定的實驗需求。
5.無動物體外生產(chǎn)。