DNA 合成的長度對于生物技術(shù)的應(yīng)用場景及價值有著至關(guān)重要的影響。小于 10Kb 片段基因合成主要用于小規(guī)模生物改造;基因組水平的研究應(yīng)用,涉及基因序列長度一般在 10-500Kb;對于更復(fù)雜的基因組設(shè)計,基因合成的長度需求達(dá)到 Mb 級別。新生命體系的從頭設(shè)計與合成不僅需要大片段的 DNA,還需要通過后續(xù)的組裝與拼接獲取完整的基因組,這對 DNA 合成的需求量與性能提出了更高的要求。
DNA合成組裝的難點(diǎn)與挑戰(zhàn)
DNA合成組裝的準(zhǔn)確性與連接效率、拼接次數(shù)密切相關(guān)。使用短初始片段組裝染色體或基因組長度DNA所需的分層組裝次數(shù)較多,過程中所需的克隆挑選和測序等質(zhì)控成本也會相應(yīng)增加。此外,組裝過程中需要進(jìn)一步克服聚合序列、長重復(fù)序列和非規(guī)范的DNA結(jié)構(gòu)對組裝的抑制作用。大片段DNA合成組裝(>10Kb)是目前基因合成領(lǐng)域技術(shù)開發(fā)的重難點(diǎn)之一,如何降低合成錯誤率及成本是主要挑戰(zhàn)!
隨著技術(shù)的跟新,通過計算機(jī)算法對影響組裝的問題序列進(jìn)行拆分和序列轉(zhuǎn)換,發(fā)展智能組裝技術(shù),有助于解決復(fù)雜長片段DNA的組裝難題,提高合成效率、降低成本。
DNA合成技術(shù)
泓迅科技—DNA合成與組裝解決方案
泓迅科技Syno?GS平臺擁有全面的基因合成與組裝技術(shù),針對 “長難基因”因難施策,我們自主研發(fā)Complex Index(CI)、NGCodonTM、AI-TAT、DNA StudioTM等多款生物智能分析工具,與自有專利試劑Syno?Interlinkage 、Syno?Assembly 相結(jié)合,推動DNA合成向著更加智能化、精準(zhǔn)化和快速化方向發(fā)展。我們月合成通量上萬條序列,單一DNA片段長度可達(dá)150Kb,覆蓋從簡單的DNA片段到復(fù)雜長DNA組裝,代謝通路及基因組合成,交付成功率100%!
泓迅科技運(yùn)用先進(jìn)的算法自主研發(fā) CI (Complexity Index) 系統(tǒng),針對重復(fù)序列、發(fā)卡結(jié)構(gòu)、高GC、poly 結(jié)構(gòu)等復(fù)雜基因智能分析,優(yōu)化DNA合成組裝工藝。下方是泓迅科技與其他供應(yīng)商針對2000個合成基因的分析結(jié)果。
泓迅科技利用AI-TAT訂單周期預(yù)測系統(tǒng),可精準(zhǔn)評估出無限接近實際所需的生產(chǎn)周期,科學(xué)的預(yù)測與高效的交付,便于客戶合理安排后續(xù)實驗進(jìn)度。
泓迅科技綜合考慮密碼子偏好性、mRNA二級結(jié)構(gòu)、GC含量、發(fā)夾結(jié)構(gòu)、翻譯起始與終止效率等多種影響蛋白表達(dá)的因素,升級2.0版NGCodonTM密碼子優(yōu)化系統(tǒng),讓密碼子優(yōu)化設(shè)計更合理、表達(dá)更高效。
我們以高效、精準(zhǔn)、低成本方式生產(chǎn)各種DNA,覆蓋從簡單的DNA 片段到復(fù)雜長DNA組裝,代謝通路及基因組合成。
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